Thomas Hoepker ha studiato storia dell’arte e archeologia, poi ha lavorato come fotografo per Münchner Illustrierte e Kristall tra il 1960 e il 1963. È entrato a far parte della rivista Stern come fotoreporter nel 1964. Magnum ha iniziato a distribuire le fotografie d’archivio di Hoepker nel 1964. Ha lavorato come cameraman e produttore di documentari per la televisione tedesca nel 1972, e dal 1974 ha collaborato con la moglie, la giornalista Eva Windmoeller, prima nella Germania dell’Est e poi a New York, dove si trasferì a lavorare come corrispondente per Stern nel 1976. Dal 1978 al 1981 Hoepker fu direttore della fotografia per l’edizione americana di Geo.
Hoepker ha lavorato come direttore artistico per Stern ad Amburgo tra il 1987 e il 1989, quando è diventato membro a pieno titolo di Magnum.